Ngoài đội hình chính thi đấu tại hệ thống giải đấu trong nước, Hà Nội Sun FC cũng còn duy trì tuyến trẻ của mình.

Trung tâm bóng đá Hà Nội Sun FC tuyển chọn và thành lập các đội từ U5 đến U15. Ngoài việc tập luyện, các đội trẻ này còn được trung tâm cho tham dự các giải trẻ để cọ xát và cũng là để sàng lọc ra những tài năng nổi trội.[4]